در حدود 10000  سال قبل از میلاد، جوامع شکارچی در بوگوتای امروزی (در «ال آبراً و»تیکوئنداماً) با یکدیگر تجارت کرده و همجنین روابطی با فرهنگ‌های موجود در دره? رودخانه? مگدالنا داشتند. در اولین هزاره? قبل از میلاد، گروه‌های سرخ‌پوست سیستم سیاسی کاسیکازگوها را ایجاد کرده که در آن در رأس هرم قدرت کاسیکها قرار داشتند. در داخل کلمبیا دو فرهنگ با سیستم بسیار پیچیده? کاسیکازگو تایروناها در اقیانوس اطلس و میوسکاها در ارتفاعات اطراف بوگوتا بودند که هر دو از لحاظ زبانی از خانواده? زبانی چیبچا بودند. گفته می‌شود که میوسکاها بعد از اینکاها پیشرفته‌ترین نظام سیاسی را در آمریکای جنوبی داشته‌اند.

کاشفان و جستجوگران اسپانیایی در 1500 اولین جستجوها را در ناحیه? ساحلی کارائیب توسط ردریگو د باستیداس انجام دادند. کریستف کلمب در سال 1502 به سفر در حوالی کارائیب پرداخت. در 1508 واسکو نونز دی بلبوآ به فتح این منطقه از ناحیه? اورابا پرداخت. در 1513، وی اولین اروپایی‌ای بود که اقیانوس آرام را کشف کرد و آنرا Mar del Sur یا «دریای جنوب» نامید که در واقع راه اسپانیایی‌ها را به پرو وشیلی باز کرد. در 1525، اولین شهر اروپایی در قاره? آمریکا ایجاد شد که «سنتا ماریا لا انتیگو دل دارین» نام داشت. امروزه در سازمان چوکوقرار دارد. عمده? جمعیت این منطقه از صدها قبیله از چیبچان و «کاریب» بودند که امروزه به نام مردم کارائیبی شناخته می‌شوند که این افراد در واقع مورد حمله? اسپانیایی‌ها قرار گرفتند و در نتیجه? بیماری، استثمار و جنگ از لحاظ جمعیت‌شناسی کاهش شدیدی در جمعیت بومی منطقه ایجاد شد. در قرن 16 اروپایی‌ها شروع به آوردن برده از آفریقا کردند.

از زمان آغاز دوره? استثمار، شورش‌هایی بسیاری ضد اسپانیایی‌ها شکل گرفت که عمدتاً شکست خورده و توان تغییر اوضاع را نداشت. آخرین این شورش‌ها که خواستار استقلال کامل از اسپانیایی‌ها بود، بعد از استقلال سنت دومینگو در سال 1804 (که امروزه به هائیتیشناخته می‌شود) که باعث پشتیبانی از رهبران شورشی می‌شد در سال 1810 به وقوع پیوست: این شورش توسط سیمون بولیوار وفرانسیسکو دی سانتاندر با موفقیت انجام شد. سیمون بولیوار اولین رئیس جمهور کلمبیا و فرانسیسکو دی سانتاندر معاون رئیس‌جمهور شد و بعد از کناره‌گیری بولیوار، دی سانتاندر به عنوان دومین رئیس‌جمهور کلمبیا انتخاب شد. موفقیت کامل این شورش در سال 1819 اتفاق افتاد، زمانی که قلمروی سلطنتی گراندای نو جمهوری کلمبیای بزرگ شد و این کشور در واقع متحد اکوادور و ونزوئلا بود. پانامای امروزی که تا سال 1903 بخشی از کلمبیا بود نیز عضو این اتحادیه بود.

تقسیمات سیاسی داخلی و ارضی باعث تجزیه? ونزوئلاو کیوتو) اکوادور امروزی) در سال 1830 شد. در این زمان «سازمان کاندینامارکا» نام «نیوا گراندا» را برگزید که این نام را تا سال 1856 همچنان داشت و سپس نام آن بهتغییر کرد. در سال 1863، «ایالات متحده? کلمبیاً ایجاد شد و این عنوان تا سال 1886 همچنان مورد استفاده بود تا اینکه این نام به جمهوری کلمبیا تغییر یافت. تقسیمات داخلی به همان صورت باقی ماند و برخی مواقع باعث بروز جنگ‌های داخلی خونین می‌شد که زمینه را برای تفکیک پاناما با حمایت ایالات متحده آمریکا در سال 1903 آماده کرد. بلافاصله بعد ازآن کشور اندکی به ثبات سیاسی رسید، اما درگیری‌ای خونین در اواخر دهه? 1940 و اوایل 1950 که بهLa Violencia )وایلنس0) مشهور بود اوضاع را ناآرام کرد. دلیل این درگیری افزایش تنش‌ها بین گروه‌های چریکی بود که بدلیل قتل جورج الیسر گایتان در 9 آوریل 1948 برآشفته شده بودند، این درگیری که بعدها بوگوتازو نام گرفت باعث کشته شدن بیش از 180 هزار کلمبیایی شد.

در سال 1991 یک قانون اساسی جدید جای قانون اساسی قبلی را که در سال 1886 تصویب شده بود گرفت که مجلس موسسان کلمبیاپیش‌نویس آنرا تایید کرد. این قانون اساسی دارای مفاد مهمی در ارتباط با موضوعات سیاسی، قومی، مردمی و حقوق جنسیتی بود که بتدریج به اجرا درآمد، با این وجود تضادها و موانع همچنان وجود داشتند.

در دهه‌های اخیر تأثیرات ناخوشایند قاچاق دارو، جنگ‌های چریکی و شورش‌ها مانندیا FARC و گروه‌های ضدشورش غیرقانونی و همچنین گروه‌های شبه‌نظامی مانند the Autodefensas Unidas de Colombia AUC که درگیر نبردهای مسلح بسیار خونین می‌شوند از جمله مشکلات دولت بوده‌است. صنایع قدرتمند دارویی در کلمبیا با جذب مناسب ارز خارجی خصوصا از آمریکا باعث تعادل تراز تجاری این کشور شده، اما از طرف دیگر سران دارویی باعث بی‌ثباتی دولت در دهه? 1980 شده و آمریکا کشور همسایه پاناما را مورد حمله قرار داد.<!—بازنویسی—> در سال 1989، تا مانوئل نوریگا را که ارتباطاتی با قاچاق دارو داشته برکنار کند. گروه‌های شورشی مختلف اغلب با آدم ربایی و فاچاق دارو هزینه‌های خود را تامین می‌کنند و در مناطق دور و روستایی وسیع اقامت دارند و در برخی موارد مانع ارتباط مین نواحی مختلف می‌شوند. از اوایل دهه? 19890، تلاش‌ها برای برقراری مصالحه بین دولت و گروه‌های شورشی مختلف آغاز شده که یا با شکست مواجه شده و یا تا حدودی توانسته جلوی این گروه‌ها را بگیرد. از جمله تلاش‌های اخیر در این زمینه در زمان ریاست جمهوری آندرس پاسترانا آرانگو بود که به مذاکره با FARC در فاصله? سال‌های 1998 تا 2002 پرداخت.

در اواخر دهه? 1990، رئیس‌جمهور آندرس پاسترانا ترفندی ابتکاری بنام طرح کلمبیا رااجرا کرد که دو هدف آن اتمام نبردهای مسلح و اجرای روش‌های ضد مواد مخدر بود. عاملی که بیشترین تناقض را در این طرح داشت و هزینه‌های کمتری دربرمی‌گرفت، استراتژی ضدمخدر آن بود که شامل افزایش سم‌زنی هوایی برای از بین بردن گیاه کوکائین بود. بسیاری از بخش‌ها این فعالیت را مورد انتقاد قرار دارند که از آن جمله عنوان این مطلب بود که سم‌پاشی هوایی به سایر محصولات نیز صدمه می‌زند و بر سلامتی افرادی که در معرض این سموم ضد گیاه قرار دارند نیز آسیب وارد می‌کنند. منتقدین همچنین عنوان کردند که این طرح در واقع رویکردی نظامی به مشکلات دارد و ریشه درنابرابری‌های اجتماعی کشور دارد.

در زمان ریاست جمهوری آلوارو یورایب که قول داده بود بر FARC و سایر گروه‌های تبه‌کار فشار نظامی وارد کند، برخی شاخص‌های امنیتی بهتر شدند و آمار آدم‌ربایی کاهش یافت (از 3 هزار 700 در سال 2000 به سطح یک هزار و 441 در سال 2004 رسید) و همچنین آمار آدم‌کشی نیز بین جولای 2002 تا می2005  بیش از 48? کاهش داشت. عنوان شده که این عوامل باعث بهبود وضعیت اقتصادی شده‌اند.

تحلیل‌گران و منتقدان داخل کلمبیا بر این عقیده هستند که درجاتی از پیشرفت در زمینه‌های عنوان شده وجود داشته‌است، اما در مورد دلایل اصلی آن و صحت آنها برخی مواقع اختلافاتی وجود دارد. برخی مخالفین راهکارهای امنیتی دولت را مورد انتقاد قرار داده‌اند و عنوان کرده‌اند که این راهکارها برای حل مشکلات بزرگ کلمبیا کافی نیستند و در واقع محیطی مساعد را برای ادامه? نقض حقوق بشر ایجاد کرده‌اند.

لازم به ذکر است که کلمبیا از لحاظ توسعه? خطوط هوایی خود اولین کشور در آمریکای جنوبی و دومین در سطح جهان است. هواپیمایی ملی کلمبیا نام دارد. پس از آن، خطوط هوایی در کلمبیا ایجاد شد.